碧云寺位于北京市海淀區香山公園北側，西山余脈聚寶山東麓存完好的園林寺廟。建于元至順2年(1331)，后經明、清擴建。寺廟坐西朝東，依山而建。整個寺廟的布局以六個庭院為主體，南北有一組庭院。庭院采用自己的封閉建筑技術，層層宮殿依山疊起，形成了300多層梯形地形。
由于寺廟依山逐漸升高，為了防止整體布局暴露，采用了一系列引人入勝的建筑形式。其中，一對石獅站在山門前，哼著兩個將軍，寺廟里的泥彩色塑料和彌勒佛寺山墻上的墻壁塑料都是明代的藝術珍寶。
據說碧云寺是金章宗玩景樓舊址，元代耶律楚后裔耶律阿利吉舍宅為寺，原名碧云庵。庵中原有元至順2年(1331)和元統3年(1335)立碑。明正德11年(1516年)，太監于經在寺后建了一座生(墓)，作為死后埋葬的地方。同時，他把寺廟改成了寺廟，重建了寺廟，起初被稱為碧云寺和公寺。后來因罪下獄，未能實現埋在碧云寺的愿望。明天啟啟三年(1623年)，宦官魏忠賢看中了這片風水寶地，再次擴建了寺廟和原來的墓地，試圖成為自己的墓地，但很快他就不會死，埋葬碧云寺的愿望也成了泡沫。
但魏忠賢有一個黨羽葛九思，念念老主之寵，把魏忠賢的衣帽等物偷埋在墓中，直到50多年后清康熙年間(1662-1722)，江南道監察皇使張援奉命巡視北京西城，在碧云寺看到大型、金碧輝煌的建筑群，以為是前王侯的宿舍，后來問得知是明末罪惡滔天的魏忠賢之墓，憤怒地寫信給康熙。提議帝京周圍不要留下這樣的惡跡。康熙同意夷平魏忠賢墓，于是拉下墓碑，鏟平墓地。康熙同意夷平魏忠賢墓，于是拉下墓碑，鏟平墓地。清乾隆13年(1748年)，碧云寺再次擴建，金剛寶座塔建在兩大太監建造的地方，寺右建500羅漢堂，寺左建行宮，奠定了今天碧云寺的格局和規模。
乾隆年間，進行了大規模建設。除了對原有的宮殿進行重新修復外，乾隆13年(1748年)，金剛寶座塔是根據西僧貢獻的圖案建造的，宮殿和羅漢堂也是新建的。這次修復對寺廟原有的建筑變化不大，寺廟的寺廟依然明亮。
1925年，孫中山先生在北京去世后，在寺廟后殿停止了棺材，所以寺廟后面改為中山堂。1957年，被列入市文物保護單位，并多次對外開放，成為西山著名的旅游景點。1983年，頤和園東門外的孫中山畫像紀念碑因拓寬道路而被遺棄，寺內金剛寶座塔前空地被移建。2001年被國務院批準列入第五批國家重點文物保護單位名單。
大雄寶殿正上方懸掛著乾隆皇帝御筆的牌匾可仁無照。大雄寶殿前兩側有一座六棱石雕經典樓。經典樓由基座、建筑物和六角形頂部組成，雕刻有花卉、云紋和行龍圖案，非常華麗。大樓上刻有佛經，左邊是大悲無妨咒語，右邊是尊勝咒語，都是乾隆御筆書。
屋頂為單檐六角形屋頂，磚石仿木結構，六條垂脊雕刻龍。瓦溝、榫卯、斗拱均為木制。建筑物上刻滿了咒語，每個邊緣都刻著游龍。
菩薩殿后面是孫中山紀念館。這里原來是寺后殿，名為普明妙覺殿。1925年3月12日，孫中山先生去世后，他在這座寺廟停了四年；1954年，這座寺廟被設置為中山紀念館，五座寬闊的寺廟，前出廊，兩座山墻后鑲嵌著白色大理石碑刻。孫中山先生的一些革命活動的照片在室內展示，1925年3月30日前，蘇聯向孫中山先生贈送了一口玻璃蓋鋼棺材。
塔院位于寺院的最后。院子里有北京最高的金剛寶座塔。塔基在中間開了一個券洞。券墻上有一個金字孫中山先生的衣冠冢。1929年，孫中山的棺材搬到南京后，洞里密封了他特制的楠木棺材和他停靈時戴的衣帽，所以是他的衣冠冢。
羅漢堂建在中山紀念堂右側，仿杭州凈慈寺羅漢堂。平面呈田形，每面9間。中間有四個小天井用于照明。大廳的外觀看起來像一座屋頂。大廳中央有一個多角形的亭子，有一個重檐歇山十字脊。中央有一座小喇嘛塔，大廳前面有一座宣傳，其余三面有一座建筑。大廳里有500尊金羅漢雕像，包括佛陀、菩薩和蹲在梁上的濟公和尚。
乾隆13年(1748)，金剛寶座塔位于全寺最高點。塔仿北京五搭寺造型。北京有三座這樣的塔，另外兩座是西黃寺的塔和真覺寺的金剛寶座塔。碧云寺金剛寶座塔高347米，分為三層：基礎、寶座和塔體。塔基為方形，磚石結構，外用虎皮石包裹，臺基兩側有石護欄。塔身都是用思考過的漢白三石砌成的，四面雕刻著藏傳喇嘛教的傳統佛像。塔基中間開了券洞，券墻上有一塊白玉匾額，上面寫著金字孫中山先生衣冠冢。
紀念館面寬五間，山墻后面鑲嵌著白色大理石紀念碑。大理石須彌座上雕刻著各種圖案和白色背景的金色字符，上面寫著《孫中山先生致蘇聯書》。正門上方掛著紅色背景的金色木匾，上面是宋慶齡《孫中山先生紀念館》。正廳設有孫中山半身雕像，展示孫中山先生各時期的照片和歷史遺跡。
水泉院是碧云寺風景秀麗的好地方，院內松柏三天，最著名的是三代樹。這是一棵奇特的古樹，柏樹中長著柏樹，最里層長著一棵印楝樹，現在印楝樹還活著。院子里還有一個叫水泉的天然流泉，又稱卓錫泉。泉水從石縫中流出，匯而成池，泉水甘甜爽口。泉水旁邊是太湖石堆疊的假山。花木、泉水、假山構成了一個美麗、寧靜的庭院花園。
