科山寺位于惠安縣城西郊的科山頂峰。始建于北宋元祐年間(1086-1093)后廢。至明景泰年間(1450-1456)又重建，建筑面積700多平方米。 1978年以來不斷復修、重建，范圍擴展到15000多平方米，寺內外的園藝、景點大有增辟，面貌為之一新。 1994年，惠籍旅星僑胞楊松年先生捐獻巨資，又新建雙檐歇山式大雄寶殿和三檐亭閣式的大悲殿，巍峨壯觀。
科山曾是眾多名士讀書之地。南宋嘉熙間縣令鄭清子曾建“登科書院”于此處。科山寺歷史悠久，至今尚留有自宋至民國期間的歷代摩崖石刻20多處，多數集中在寺前層巖上。寺中有清末名士、畫家林淵、黃朝棟撰寫的石刻柱聯多副和當代全國著名書法家虞愚和梁披云分別書寫的“科山寺”“圓通寶殿”和“大雄寶殿”匾額。一代高僧弘一法師抗日期間曾三次來寺講經說法并題有“慧水勝境”四字于寺內。報德祠內尚有明萬歷名宦、著名地方史家何喬遠撰寫的長篇頌德碑記，均為書法、文章佳作。
科山寺現任住持弘雄法師，于1996年夏恢復了“科山書院”名號；并編纂“科山書院叢書”，收藏和刊印古今鄉賢的文學著作。
